La première église fut construite au pied de la grotte, bien avant que l’on parle du village. Elle remonte à l’époque carolingienne, sans doute au 9° siècle. C’est un moine de l’abbaye de Luxeuil qui fut chargé de la construction, qu’il dédia à Sainte-Suzanne. En 913, l’église fut cédée à l’abbaye de Murbach, qui la vendit en 1294 au comte Thierry de Montbéliard, avec les habitants, les champs, les prés.
Au début du 13° siècle, les comtes de Montbéliard rentrent de croisades avec des reliques ; l’église de Ste Suzanne devient un lieu de pèlerinage : on venait y adorer un morceau de la « vraie croix ».
Lors de la réforme, l’église ne fut pas détruite, mais affectée au culte protestant et devint chef-lieu d’une paroisse de quatre villages. Elle ne fut pas pourvue de pasteur lors de l’établissement des treize premiers « prédicants » en 1553. Elle accueil son premier pasteur Jean Vocquet, originaire de France en 1555.
En 1662, la paroisse est rattachée à celle de Bavans, avec un vicaire résidant à Ste Suzanne et cela jusqu’à la réunion du Comté de Montbéliard à la France en 1793.
De 1745 à 1478, l’église fut reconstruite et agrandie dans ses dimensions actuelles sur l’ordre d’Elisabeth-Charlotte de l’Espérance, baronne du Saint Empire Romain Germanique (son appartenance du temple au St Empire lui valut d’échapper aux démolitions habituelles dans le royaume de France), maîtresse du duc de Montbéliard Léopold Eberhard ; elle était surnommée « la dame de Ste Suzanne ». Depuis ce temps, sur fronton de la porte d’entrée est gravé « RENOVATUS 1748 »
En 1794, la paroisse est rattachée à celle de St Georges de Montbéliard. Le 18 octobre 1804, elle est rétablie mais reste filiale de St Georges. Le 31 mai 1845, elle est redevient paroisse indépendante, jusqu’en 1972, date de la création de la paroisse du Mont-Bart.
En avril 1988, y est célébré le culte télévisé de Pâques.